The Bioinformatics materials and goodies
  Mendesain Primer PCR (Polymerase Chain Reaction)
 


By Arli

15 Februari 2009

Misalkan, Peneliti Biologi Molekuler memberikan sekuens virus yang baru saja mereka sekuensing. Mereka meminta supaya dibuatkan desain primer PCR, yang akan digunakan untuk mendeteksi keberadaan virus di sampel secara akurat. Untuk informasi apakah PCR tersebut, bisa diklik disini. Bagaimana caranya?

  1. Input sekuens kedalam teks editor, hilang header FASTA ‘>’
  2. Buka link http://molbiol-tools.ca/PCR.htm pada web browser. Disitu terdapat beberapa tipe toolbox desain primer. Namun kita akan menggunakan Primer3: www primer tool, yang beralamat di http://biotools.umassmed.edu/bioapps/primer3_www.cgi . Klik ke link tersebut.
  3. Pada interface, paste sekuens nukleotida pada boks.
  4. Pada bagian ‘sequence id’, berikan nama primer tersebut.
  5. Seting lain biarkan dalam keadaan default
  6. Klik ‘pick primer’, dan tunggu beberapa saat.
  7. Pada tampilan, akan diberikan display primer yang telah disusun. Primer yang terbaik akan ditampilkan di paling atas, sementara Primer tambahan akan diberikan dilayar bagian bawah.
 
  Today, there have been 12 visitors (48 hits) on this page!
 
 
=> Do you also want a homepage for free? Then click here! <=

The Google search result about me is shown

here