The Bioinformatics materials and goodies
  Perjodohan Google dengan Bioinformatika
 
Selasa, 21/04/2009 14:44 WIB
Kolom Telematika
Penulis: Arli Aditya Parikesit - detikinet


Jakarta - Secara de facto, Google adalah pemimpin pasar search engine di seluruh platform sistim operasi. Apapun sistim operasi yang kita gunakan, baik Windows, Linux, atau MacOS X, dapat dipastikan search engine yang digunakan adalah Google.

Bioinformatika adalah ilmu baru, yang merupakan gabungan antara ilmu biologi dan ilmu komputer. Tugas dari bioinformatika adalah mengolah data biologis dari ekperimen laboratorium, menjadi informasi yang berguna bagi perkembangan ilmu pengetahuan.

Lalu, apakah hubungan Google dengan Bioinformatika? Mari kita simak di bawah ini.

Investasi Google di Korporasi Bioinfomatika

Pada akhirnya, Google terjun secara langsung pada usaha yang terkait dengan Bioinformatika. Google telah mengumumkan, bahwa mereka telah menginvestasikan dana sebesar 3.9 juta US$ pada perusahaan bioinformatika yang bernama 23andMe. Perusahaan 23andMe didirikan untuk membantu konsumem memahami dan mem-'browsing' genome mereka.
 
Namun keputusan yang sangat menentukan dari Google adalah sewaktu mereka memutuskan untuk bekerja sama dengan John Craig Venter, dari Venter Institute. John Craig Venter adalah ilmuwan yang berperan sangat penting dalam Human Genome Project, yang diselesaikan tahun 2001. Proyek ini telah berhasil memetakan keseluruhan gen yang ada pada manusia (genom), sehingga membuka lebar peluang untuk memecahkan masalah yang berhubungan dengan kedokteran/kesehatan. Venter bekerja sama dengan Google, supaya kekuatan komputasi Google dapat dimanfaatkan untuk memecahkan misteri biologis, dan suatu saat kita dapat mem-'browsing' gen kita sendiri.

'Kami perlu menggunakan komputer terbesar di dunia,' kata Venter. 'Larry dan Sergey sangat tertarik dengan pekerjaan di institut kami, dan memberikan akses pada komputer mereka beserta staff programming mereka untuk meningkatkan proses analisa data. Dengan bekerja sama dengan Google, kami mencoba untuk membuat katalog gen untuk mengkaraterisasi semua gen yang ada di bumi,' lanjut Venter.

Dalam kerja sama ini, Google akan membangun database genetik, menganalisis, dan menemukan korelasi pada individu dan populasi. Google akan menggunakan 30.000 gen yang ditemukan oleh Venter dan ilmuwan dari National Institute of Health. Menurut Venter, teknik data mining Google sangat cocok untuk memecahkan tantangan dalam analisis sekuens genetik. Hanya saja, hasil proyek ini belum dipublikasikan.
 
Menurut Venter, berhubung masalah proses informasi telah mulai dipecahkan, sekarang sekuensing genom manusia sudah semakin murah. Teknologi informasi sudah semakin berkembang, dan hal ini berperan kunci dalam teknologi sekuensing. Jika perkembangan ini dapat berlangsung terus, maka kedepannya berbagai penyakit yang sebelumnya sukar dideteksi, akan tersedia pada tes medis standar.

Walaupun ada isu pembajakan, Venter sangat setuju dengan transparasi genomik, seperti prisip Open Source dengan lisensi GPL. Dalam perspektif ini, Venter membuka kemungkinan bahwa kedepannya kita akan bisa Meng-'googling' data DNA kita sendiri'. Kelihatannya aneh, namun menurut Venter, hal ini akan berguna bagi kepentingan biomedis.

Sementara itu, kerja sama Venter dengan Google tidak hanya pada pengembangan database genom saja, namun juga pada promosi buku-buku yang dituliskan oleh Venter. Google menyediakan ruangan jumpa pers di Mountain View, kantor pusat mereka, supaya Venter dapat mempromosikan buku-buku tulisannya pada publik. Dia melakukan launching buku karyanya, yang berjudul 'A Life Decoded: My Genome, My Life' di kantor pusat Google tersebut.

Bioinformatika di 'Google Summer of Code'

Di tahun 2009 ini, Google mengumumkan, bahwa mereka telah merekrut NESCent dan GenMAPP sebagai organisasi mentor Bioinformatika di event 'Google Summer of Code' (GSOC). Seperti yang kita telah ketahui, GSOC adalah kompetisi prestisius yang diadakan Google, untuk mempublikasikan source code program yang dicoding oleh mahasiswa yang terlibat di kompetisi ini.

Ada hadiah tertentu bagi mahasiswa yang mampu menghasilkan coding terbaik, dan Google menyediakan mentor untuk membimbing mahasiswa tersebut untuk menyelesaikan proyeknya. Hanya mahasiswa yang memiliki dasar ilmu komputer sangat kuat, yang dapat mengikuti kompetisi ini. 

Mentor yang dilibatkan adalah programmer yang memiliki jam terbang tinggi di dunia Open Source. Durasi pengerjaan proyek ini adalah selama musim panas (summer). Nama-nama besar di dunia open source, seperti Wordpress, Abiword, Apache, MySQL, GIMP, GNOME, KDE, Mozilla, Fedora, Samba, Linux Foundation dan Wikimedia terlibat pada kompetisi ini sebagai organisasi mentor.

Dengan bergabung sebagai mentor bioinformatika di GSOC, maka NESCent dan GenMAPP berdiri sejajar dengan nama-nama besar open source tersebut. Link GSOC ada di http://socghop.appspot.com/.

Proyek yang dikerjakan oleh kedua organisasi tersebut boleh dibilang satu jalur, namun berbeda penekanan. NESCent mengerjakan proyek database pohon filogenetik, yang berguna untuk memetakan evolusi makhluk hidup. Sementara GenMAPP mengerjakan proyek visualisasi data genetis.

Sebelumnya, NESCent telah mengikuti GSOC sebanyak dua kali, yaitu tahun 2007 dan 2008. Sementara GenMAPP sebelumnya telah mengikuti GSOC juga dua kali, yaitu 2007 dan 2008. Website NESCent ada di https://www.nescent.org/wg_phyloinformatics/Main_Page , dan website GenMAPP ada di http://socrates2.cgl.ucsf.edu/GenMAPP/. Situ mereka menyediakan informasi lengkap mengenai proyek tools dan aplikasi bioinformatika yang mereka akan kerjakan untuk GSOC.

Masa Depannya?

Komitmen Google yang sangat serius dalam mengembangkan Bioinformatika, telah menjadikan mereka sebagai korporasi bioinformatika yang sesungguhnya. Hanya ada sedikit perusahaan IT lain, yang memiliki komitmen seperti yang dimiliki Google.

Langkah yang diambil Google, telah menjadikannya berbeda dengan perusahaan berbasis IT lain, dan hal ini akan menjadikan Google memimpin pengembangan aplikasi/tools Bioinformatika. Dengan membuka niche di bidang bioinformatika, maka kepeloporan Google di bidang ini akan sukar diikuti oleh perusahaan lain. Hal ini akan menjadikan Google sebagai pemimpin di pasar apapun yang ia masuki.

Bagaimana di Indonesia? Sejauh ini, korporasi yang memasuki dunia bioinformatika seperti Google belum terdengar sama sekali. Banyak lembaga yang telah menggunakan jasa aplikasi Bioinformatika, seperti Lembaga Eijkmann, Departemen Kesehatan, atau Universitas.

Namun korporasi berbasis IT, yang berinvestasi secara serius di bidang bioinformatika belum terdengar. Ke depannya, dengan teladan yang diberikan Google sebagai salah satu pemimpin dunia Open Source, diharapkan akan muncul korporasi berbasis bioinformatika di Indonesia.

Arli Aditya Parikesit adalah peneliti pada Departemen Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Indonesia.

( wsh / wsh )

Di tautkan dari http://www.detikinet.com/read/2009/04/21/144436/1118926/398/perjodohan-google-dengan-bioinformatika
 
  Today, there have been 8 visitors (27 hits) on this page!
 
 
=> Do you also want a homepage for free? Then click here! <=

The Google search result about me is shown

here