The Bioinformatics materials and goodies
  Metode Mencari kesamaan dari banyak sekuens sekaligus (Multiple sequence Aligment)
 

By Arli
14 Februari 2009

Bayangkan, jika lab biologi molekular memberikan kita sekuens, yang bukan hanya berasal dari satu sampel, tapi dari banyak sampel. Kita tidak tahu, apakah sekuens yang ada dari semua sampel itu homolog atau tidak. Ada cara lain, selain kita memasukkan semuanya satu per satu ke dalam BLAST. Yaitu dengan cara Multiple Sequence Alignment (MSA). Cara ini secara prinsip, adalah menjejerkan kesemua sekuens (harus lebih dari satu), dan dicari seberapa persen homologinya. Caranya adalah sebagai berikut:

  1. Input kesemua sekuens ke dalam teks editor. Setiap sekuens harus berdempetan, dan setiap sekuens harus memiliki header yang dimulai dengan ‘>’, yang menandakan format FASTA. Lalu save file, dan diberi nama.
  2. Lalu buka program khusus untuk MSA, seperti Clustal X (telah tersedia versi Windows, Linux, dan Mac).
  3. Pada menu Clustal X, pilih menu ‘file’, kemudian ‘load sequences’ untuk memuat sekuens yang baru kita simpan sebelumnya.
  4. Setelah sekuens dimuat, makan pilih menu ‘aligment’, kemudian ‘do complete alignment’ untuk melakukan MSA.
  5. Setelah selesai, maka hasil dari MSA bisa disimpan.
  6. File output MSA bisa dibuka kembali di Editor sekuens seperti Bioedit atau CLC Free workbench. 
 
  Today, there have been 8 visitors (36 hits) on this page!
 
 
=> Do you also want a homepage for free? Then click here! <=

The Google search result about me is shown

here