By Arli
Tiga sekuens database primer adalah GenBank (NCBI) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) dari Amerika Serikat, sekuens database nukleotida (EMBL) (http://www.ebi.ac.uk) dari Inggris, dan BankData DNA Jepang (http://www.ddbj.nig.ac.jp). Ini adalah situs acuan untuk data sekuens mentah, namun setiap entri telah dianotasi secara ekstensif dan memiliki fitur tabel untuk menekankan pentingnya properti dari setiap sekuens. Ketiga database ini saling bertukar data setiap hari. (Westhead ,et al., 2001).
BLAST dan FASTA menyediakan pencarian sekuens database yang sangat cepat. Tidak seperti pemrograman dinamis, keduanya tidak menjamin untuk menemukan kemungkinan yang terbaik pada setiap sekuens database, namun pada prakteknya efek dari kecepatan selalu minimal. BLAST dan FASTA beroperasi dengan pertama kali melokasikan rentangan pendek dari huruf yang cocok (word) yang dapat diperluas pada alignment yang lebih luas (Westhead, et al., 2001). |
