The Bioinformatics materials and goodies - Fitur Dasar Bioinformatik: BLAST

By Arli

14 Februari 2009

Jika kita menemukan sekuens protein atau DNA/RNA pada suatu catatan laboratorium (lab log), dan kita ingin merunut, darimana asal sekuens tersebut. Bisa juga kasus yang kita jumpai lain lagi. Misal kita bekerja di lab bioteknologi skala besar, dan kita bekerja di divisi bioinformatiknya. Alhasil, orang biologi molekuler datang ke kita dan meminta supaya dicarikan sekuens yang baru saja mereka sekuensing ini dari organisme apa dan fungsinya apa. Apa yang harus kita lakukan? Mudah, gunakan BLAST (Basic Local Alignment Search Tools). Fungsi dari toolbox ini adalah untuk menemukan dari organisme apa sekuens itu berasal, dan apa fungsinya. Ia bekerja dengan cara mencari homologi terbesar antara sekuens yang kita miliki, dengan sekuens di database genbank. Bagaimana prosedur kerjanya?

1.Masukkan sekuens yang kita miliki ke teks editor, lalu kita copy
Setelah dicopy, lalu buka link http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Kemudian, arahkan kursor ke arah ‘Basic Blast’, dan kita pilih ‘nucleotide BLAST’ untuk mencari sekuens DNA, dan ‘protein BLAST’ untuk sekuens protein.
Paste sekuens pada box ‘FASTA’.
Di Bagian ‘search set’, ubah Database ke others (nr) jika kita yakin sekuens yg dimiliki bukan berasal dari ‘human’ atau ‘mouse’.
Biarkan yang lain default
Lalu klik ‘BLAST’
Maka Pada layar akan diberikan output

Pada output, akan diberikan jejeran sekuens berdasarkan prioritas. Sekuens yang paling homolog akan ditaruh di bagian atas, dan yang paling tidak homolog ditaruh di paling bawah. Keterangan di layar sudah sangat lengkap, baik dari organisme apa, maupun fungsinya apa.