ScienceDaily (Nov.24, 2008) - Pada isu PLoS Biology minggu ini, satu tim Dosen dari Universitas Marseilles yang dipimpin oleh Pascal Hingamp, menjelaskan Annotathon--Pendekatan pengajaran bioinformatika yang menarik bagi mahasiswa S1 Biologi.

Dengan meningkatnya minat pada metagenomik-decoding tidak hanya pada genom tunggal, namun pada seluruh ekosistim mikroba-jumlah data yang diproduksi adalah lebih banyak daripada yang dapat diikuti oleh ahli. Oleh karena itu, Bioinformatika-penggunaan teknik komputer untuk memproses data biologis-menjadi semakin populer. Sistim pengajaran Annotathon bertujuan untuk melatih suatu jaringan dari bioinformatikawan/wati pemula, yang dapat membantu mengolah data dalam jumlah banyak sehari-hari.

Metode ini meminta mahasiswa untuk secara random mengambil dan menganalisa fragmen metagenomik DNA yang tidak diketahui dari tumpukan sekuens yang ada. Misi dari mahasiswa, dengan hanya menggunakan tools internet, adalah mencari tahu dari organisme mana DNA tersebut berasal, dan apakah fungsi biologisnya. Selain memperoleh keahlian pada bioinformatika, mahasiswa juga mengalami proses penelitian yang autentik dengan berargumentasi, menyajikan prediksi, membangun hipotesa, dan diskursus.
‘Saya sudah melakukan semua dengan mahasiswa: menganalisa ulang protein prion dari tahun ke tahun, dan menggali semua potongan DNA yang tak terprediksi’, demikian kata Hingamp yang mengembangkan software Annotathon. ‘Itu adalah kerja berat, namun kesenangan yang sesungguhnya terletak pada sisi yang tidak diketahui. Sangat menyenangkan’. Mahasiswa, sangat sadar akan eksplorasi mereka pada pengetahuan ini, mereka tertantang untuk menghasilkan pekerjaan yang berkualitas. Bahkan, output mereka dianggap cukup bagus untuk diberikan pada database publik yang digunakan sehari hari oleh peneliti.


Referensi jurnal:

   1. Hingamp et al. Metagenome Annotation Using a Distributed Grid of Undergraduate Students. PLoS Biology, 2008; 6 (11): e296 DOI: 10.1371/journal.pbio.0060296



Diterjemahkan dari:
Public Library of Science (2008, November 24). Bioinformatics Lecturers Enlist Undergrads To Tackle DNA Annotation Challenge. ScienceDaily. Retrieved February 14, 2009, from http://www.sciencedaily.com­/releases/2008/11/081124203705.htm