Jumat, 25 Januari, 2008 oleh Arli Aditya Parikesit

Virus flu burung telah mengancam dunia. Di Indonesia, telah lebih dari 100 korban meninggal. Sampai sekarang belum ditemukan obat dan vaksin yang ampuh untuk menghadapi virus mematikan tersebut. Apa yang harus kita lakukan?
Science Daily (Feb. 26, 2007). Proyek sekuensing genom influenza, yang dimulai oleh National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), salah satu direktorat dari National Institutes of Health (NIH), mengumumkan bahwa mereka telah mencapai terobosan besar. Seluruh cetak biru genetik lebih dari 2000 virus influenza manusia dan avian yang diampil dari berbagai sampel di seluruh dunia telha dipetakan dan data sekuens telah tersedia di database publik.

Mekanisme

Menurut direktur NIH Elias A Zerhouni, M.D, informasi tersebut akan membantu ilmuwan untuk memahami bagaimana mekanisme penularan dan evolusi virus influenza, dan akan membantu pengembangan vaksin flu baru, terapi, dan diagnostiknya. Sementara menurut direktur NIAID Anthony S.Fauci,M.D, ilmuwan dari seluruh dunia dapat menggunakan data sekuens untuk membandingkan berbagai strain virus, mengidentifikasi faktor genetik yang menentukan virulensi, dan mempelajari vaksin, target diagnostik, dan terapi baru.

Proyek sekuensing genom influenza, yang dimulai tahun 2004, telah dilakukan dengan dana NIAID oleh Pusat Sekuensing Mikroba dari Institute for Genomic Research (TIGR) di Rockville, Maryland. Proyek ini sekarang dipimpin oleh David Spiro, Ph.D., dan Claire Fraser, Ph.D., pada TIGR dan Elodie Ghedin, Ph.D., pada Sekolah Kedokteran Universitas Pittsburg. Akhir-akhir ini, pertumbuhan kapasitas sekuensing telah menghasilkan laju produksi meningkat drastis, sehingga dapat mensekuensing 200 genom virus per bulan.

Dengan melampaui batas 2000 genom, Pusat Sekuensing Mikroba akan melanjutkan proses sekuensing cepat pada strain influenza dan isolatnya, untuk kemudian menyediakan data sekuens secara gratis pada komunitas ilmuwan dan publik melalui GenBank, sebuah database sekuens genetik yang dimiliki oleh National Center for Biotechnology Information (NCBI) pada direktorat National Library of Medice (NLM) dari NIH. Database tersebut dapat diakses di internet.

Influenza musiman merupakan keprihatinan kesehatan masyarakat yang utama di Amerika Serikat, karena menyumbang angka 36.000 kematian dan 200.000 pasien di rumah sakit setiap tahun. Secara global, influenza menyebabkan kematian antara 250.000 sampai setengah juta meninggal setiap tahun. Vaksin flu musiman di update setiap tahun untuk mentargetkan strain virus terbaru yang beredar. Mengembangkan vaksin seperti itu sangat sukar, karena virus influenza sangat mudah bermutasi ketika ia bereplikasi, dan mutasi tersebut dapat mempengaruhi virus, sehingga vaksin terhadap satu strain tidak akan efektif dengan strain lain.

Genetik

Keprihatinan yang lebih besar adalah potensi dari pandemik influenza yang disebabkan oleh kemunculan strain virus baru yang mematikan, yang dapat ditransmisikan secara mudah dari orang ke orang lainnya. Pandemik influenza telah terjadi tiga kali dalam abad yang lalu, dimana yang paling lethal adalah pandemik 1918, yang menyebabkan 40 sampai 50 juta kematian di seluruh dunia.

“Beberapa tahun yang alu, informasi genetik virus yang tersedia pada public domain sangat terbatas, dan sebagian besar data sekuens tidak lengkap”, demikian kata Maria Y Giovanni, Ph.D, dari Pusat Sekuensing Mikroba NIAID. Menurut Maria, Proyek Sekuensing Genom Influenza telah mengisi gap tersebut dengan meningkatkan jumlah data sekuens virus influenza secara dramatis dan membuatnya tersedia secara cepat untuk seluruh komunitas ilmuwan. Terdapat peningkatan signifikan pada jumlah ilmuwan seluruh dunia yang mendepositokan data sekuens genom virus influenza pada public domain termasuk juga ilmuwan dari St.Jude Children’s Research Hospital dan Centers for Disease Control and Prevention,” demikian sambung Maria.

Bersama dengan NIAID, TIGR, dan NCBI, kolaborator lain pada proyek ini termasuk juga Wadsworth Center of the New York State Department of Healt di Albany; Centers for Disease Control and Prevention di Atlanta; St. Jude Children’s Research Hospital di Memphis, TN; The World Organization for Animal Health/Food and Agriculture Organization of the United Nations (OIE/FAO); Reference Laboratory for Newcastle Disease and Avian Influenza di Padova, Itali; The Ohio State University di Columbus, OH; Children’s Hospital Boston; Baylor College of Medicine di Houston; dan Cantebury Health Laboratories di Christchurch, Selandia Baru.

Informasi lebih lanjut mengenai proyek sekuensing geom virus influenza dan akses terhadap data sekuens dapat diklik pada:

Dalam rangka membantu analisa dan intepretasi data sekuens dalam jumlah besar yang didapatkan oleh proyek, NIAID telah membangun BioHealthBase Bioinformatics Resource Center, yang baru saja dikembangkan oleh peneliti pada University of Texas Southwestern Medical Center di Dallas dan pengembang pada Northrop Grumman Information Technology’s Life Sciences division di Rockville, Maryland.

Center ini menyediakan tool software bioinformatika pada komunitas ilmiah dan akses genom virus influenza beserta data terkait dalam format yang mudah digunakan. BioHealthBase baru-baru ini telah bekerja sama dengan Influenza Sequence Database pada Los Alamos National Laboratory untuk menyediakan manajemen data komputasi untuk peneliti virus influenza, beserta dengan sumber daya analisis untuk membantu interpretasi data genetis.

Data dari Pusat Sekuensing Genom Influenza, beserta dengan data sekuens virus influenza lain yang telah tersedia secara gratis, juga tersedia pada Sumber Data Virus Influenza NCBI, yang juga terdapat berbagai alat analisis, seperti sequence aligment dan membangun ‘pohon’ untuk menunjukkan hubungan evolusi.

Informasi lanjutan terhadap database tersebut dan berbagai alat analisa yang tersedia dapat diakses di:
BioHealthBase Bioinformatics Resource Center: http://www.biohealthbase.org/
NCBI’s Influenza Virus Resource: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/FLU/
Los Alamos National Laboratory Influenza Sequence Database: http://www.flu.lanl.gov/
Visit PandemicFlu.gov (http://www.pandemicflu.gov) for one-stop access to U.S. Government information on avian and pandemic flu.
NIAID adalah direktorat dari National Institutes of Health. NIAID mendukung riset dasar dan terapan untuk mencegah, diagnostik, dan menangani penyakit infeksi seperti HIV/AIDS dan infeksi menular seksual lainnya, influenza, tuberculosis, malaria, dan penyakit dari agen potensial bioterorisme. NIAID juga mendukung riset pada imunologi dasar, transplantasi dan kelainan terkait imunologis, termasuk penyakit autoimun, asma, dan alergi.

Link di http://www.sciencedaily.com/releases/2007/02/07022216003

Telah dimuat di http://netsains.com/2008/01/2000-genom-influenza-kini-bisa-diakses-publik/